El protocolo clásico en cirugía ortognática es luego de un acabado estudio iniciar un tratamiento de ortodoncia que puede durar entre uno y tres años. Luego, en la etapa final efectuar la cirugía ortognática y después la continuación de la ortodoncia por un periodo que tiene un rango entre seis meses y un año. ​ Hace unos 6 años se estudiaron casos en los que se efectuaba la instalación de aparatos e inmediatamente se realizó la cirugía para luego continuar con el tratamiento